病毒侵入计算机后，通常都会实现自启动。找到并清除其自启动项将极大的限制其危害。通常最简单的方法是系统自带的“系统配置实用程序”。在运行里输入msconfig回车，在启动标签里，显示了一部分的系统启动项目，通过简单的勾选可以选择要启动的项目。然而对于系统本身来说，这里没有一个启动项是必须的，可以全部去掉也没什么关系。通常的做法是保留ctfmon(系统输入法)，选择保留其他的自己的程序。
更加多的启动项就要到注册表里寻找了。运行regedit启动注册表编辑器，查找定位到一些启动位置看看是否又异常。以比较常见的位置来说，HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersion下的Run、RunOnce、RunOnceEx、RunOnceSetup、RunServices、RunServicesOnce以及HKEY_CURRENT_USER分支下对应的这些位置，都可以被利用，其中又尤以Run下的改动最为常见。事实上msconfig所列出的也就是注册表里的东西。另外还有HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionPoliciesExplorerRun及HKEY_CURRENT_USER对应位置等，网上搜索应可以找到一些更加偏的位置，虽然同样可以利用，但是通常比较少见。而对于“C:Documents and Settings用户名开始菜单程序启动”里的所有快捷方式，系统会自动启动。这可以方便的先自己希望自启动的程序。此位置并不常被利用，但还是要留意下。更详细的启动项位置关系可以google下，知道了启动的顺序、作用可以更清楚地了解这个过程，在此不再复述。
对于可疑的自启动项，可以直接删除。并且还要对注册表全面关键字搜索，直接确定的就删除，无法确定的就上网查找信息。而在修改之前，对于犹如系统数据库般的注册表，同样要本着备份的思想。备份的方法是在注册表编辑器里右击要备份的分支，然后“导出”。现在形形色色注册表备份工具，也给注册表的备份和恢复提供了便利。
